外星人侵略地球，攻占了小新所住的城市，并且释放出了一种气体，这气体会让心智成熟的人丧失斗志，但小孩子们却是不受这气体侵扰的。绝大多数的成人就这样乖乖地听命于外星人，这就意味着，抵抗外星侵略的重担从大人转到了孩子身上。在搜刮资源的同时，外星侵略者还派出了大批的搜索队，几乎把城市里所有的小孩都俘虏了，包括小新的妹妹---那个还没多少行动能力的小葵。只有小新和少数人凭借自己的过人机智和运气，侥幸躲过了追捕。现在，为了救出自己的家人，同时也为了拯救这个城市，小新带着所有幸存者的祝福和嘱托出发了……