杀死信长的故事背景十分吸引人，颇有悬疑的色彩。主角不是信长而是一名信长年代的忍者城次郎。城次郎是信长年代大将明智光秀的心腹忍者，身怀绝技。事情的起因是明智光秀发现一件奇怪的事情，他的主公信长的言行处事似乎和以前判若两人。而且在处理重大问题时作出了许多暴虐的决定，直至在波多野家的交涉中直接导致了光秀母亲的死亡。光秀在其后的几年中利用和信长亲近的关系，逐渐发现了事情的真相，现在的信长已不是那个他侍奉多年的主公了，有一股邪恶而强大的力量已完全控制住了信长得心智。虽然知道了真相但是光秀苦无应对之法，说出真相恐怕无人会相信，反而会招来杀身之祸。终于在天正十年(1582年)明智光秀苦苦守候的机会出现了，信长只带了几十人随从夜宿本能寺，光秀立刻派出亲信大军万余人将本能寺团团围住，于是我们故事主角明智光秀帐下的心腹忍者城次郎的冒险便开始了。
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这款游戏的主角忍者动作设计非常丰富，有推拉物品，发射飞镖，攀上爬下等等，肩负着狙杀目标织田信长的艰巨任务。而且在游戏场景中，还隐藏着大量机关陷阱与隐藏房间。在游戏时用户必须随时开动脑筋来解决这些机关，同时又要仔细观察搜索隐藏房间的进入方法，许多机关和隐藏门在游戏中